という事で、 通常 viewから部分テンプレート使うには、

<%= render :partial=>"header" %>

としますが、
layoutファイルに対して部分テンプレートを適用したいと考えました。

<%= render :partial=>"layouts/header" %>
こうすることで、 layoutsフォルダ内の _header.rhtmlを 部分テンプレートとして利用できました。